Protože vyjednávání s vládou se zdála být nekonečná, rozhodl se výbor Matice gymnasiální zaměřit na možnost zřízení soukromého gymnázia a financovat jej do doby, než bude možné jej zestátnit. 29. ledna 1898 představil výbor ostatním členům výsledky své práce. Důležité bylo především bezplatné zapůjčení vyškovského arcibiskupského zámku nebo vznik Nadace Boženy Batkové, dcery lékárníka, která své jmění odkázala právě pro potřeby gymnázia a jeho budoucích žáků. Není tedy divu, že byl jednomyslně přijat návrh, aby měl matiční výbor v této věci volné ruce.
Chod vyškovského soukromého gymnázia zaštiťovaly dvě listiny – smlouva Matice gymnasiální ve Vyškově s Ústřední Matici školskou v Praze na dobu čtyř let, ve které se vyškovská Matice gymnasiální zavázala zřídit ve školním roce 1899/1900 české gymnázium a zajistit jeho potřeby ze svých finančních prostředků, a zpráva c. k. moravské zemské školní rady z 26. května 1899, která povolila založení školy. Vše potvrdilo ještě 15. května vídeňské ministerstvo školství (kultu a vyučování).
Matice gymnasiální mohla přejít od úřednického papírování k řešení praktických problémů. Zatímco prostory ve druhém patře budovy arcibiskupského zámku byly usnesením z 16. června uznány po menších úpravách jako vyhovující, chyběli vyučující a vedení školy. Ti se získávali i o to hůře, že existovalo málo profesorů, kteří by mohli být uvolněni ze svého dosavadního postu na státním gymnáziu pro potřeby soukromé školy.
Nakonec se přece jen našel vhodný kandidát alespoň na ředitele školy – František Teplý, který po svém jmenování Ústřední Maticí školskou 11. července 1899 opustil své působiště na českém gymnáziu v Olomouci a c. k. státním gymnáziu v Přerově.
První pravomocí, kterou František Teplý jako ředitel přijal, bylo svolat předběžný zápis žáků. Ve dnech 15. a 17. července 1899 se do první třídy přihlásilo 152 žáků z Vyškova, Bučovic a Slavkova. Bylo jich tolik, že by zaplnili přinejmenším třídy tři oproti plánovaným dvěma. Z důvodu nedostatku peněz, učitelů a vhodných prostor výbor Matice gymnasiální vydal doporučení, aby nejmladší děti zůstaly ještě rok doma, nebo je rodiče poslali jinam.
Další vyučující byli přibíráni víceméně za pochodu. Bylo stanoveno, že školní rok bude zahájen 16. září 1899, ale teprve na konci prázdnin a během prvního měsíce školního roku byli přijímáni zaměstnanci. Takto nastoupil na gymnázium 28. srpna profesor Florián Horut s aprobací na latinu, češtinu a zeměpis (učil ovšem také tělocvik a hudební výchovu), a Josef Novák, který měl na gymnáziu úvazek 18 hodin matematiky, přírodopisu a němčiny. K povinné náboženské výchově vedl v této době žáky Alois Ležák a později vyškovský kaplan František Gajdušek. Celkem tak na škole působili tři profesoři, včetně ředitele Teplého, do výuky docházeli na některé hodiny Ležák (později Gajdušek) a učitel obecné školy Leopold Rozsypal.
České matiční gymnázium ve Vyškově bylo slavnostně otevřeno záhy po dokončení všech příprav ve dnech 26. a 27. srpna 1899. Ve Vyškovských novinách byla tato slavnost podrobně popsána na titulní straně. O zahájení prvního dne se postarali ochotníci Hané v podobě divadelního představení Závěť od Josefa Štolby, které bylo uvedeno proslovem JUDr. Václava Skřivánka, jednatele Matice gymnasiální. Nedělní ráno bylo ještě pojato komorně – zatímco lidé z širého okolí, kteří přišli podpořit myšlenku české školy, se scházeli na náměstí, hodnostáři, zástupci úřadů, městská rada, ředitelství I. kontribučenské spořitelny a výbor Matice gymnasiální byli přizváni na slavnostní mši Veni sancte do kaple arcibiskupského zámku, kde mělo být později umístěno gymnázium. Poté byl program pro všechny zúčastněné jednotný – vyslechli slavnostní kantátu 85 pěvců a slavnostní řeč MUDr. Jana Venhudy, starosty Matice gymnasiální, který upozornil na to, že by Vyškované měli být na novou školu po právu hrdí. Před slavnostním průvodem, který vycházel ze Zámeckého náměstí a končil na ulici Venkovní (Žižkově), se významní hosté posilnili na společném obědě v Besedním domě. Celá akce skončila velkou lidovou veselicí.
15. a 16. září se konal historicky první zápis do gymnasiální třídy. Ze 140 přihlášených bylo přijato 121. Věkové rozpětí mezi jednotlivými žáky bylo celých deset let, průměrný věk studentů byl mezi třinácti až patnácti. V prvním roce nenastoupily do školy žádné dívky, přestože se mohly přihlásit jako takzvané privatistky. V praxi to vypadalo tak, že dívky sice byly zapsány na škole, ale pravidelně ji nenavštěvovaly, učily se doma svépomocí a pouze na konci každého pololetí vykonávaly zkoušky. Ty však byly natolik náročné (studentky byly zkoušeny ze všech povinných předmětů v jednom dni), že to řada z nich vzdala během prvního školního roku.
Po řadu let se na gymnáziu platilo školné, a to i tehdy, když bylo později zestátněno. Žáci museli v prvních letech uhradit 7 K 20 h. V této ceně byla zahrnuta přijímací taxa a příspěvek na pomůcky. V pozdějších letech se tento kredit ještě navýšil; děti platily i za to, že se mohly zúčastnit přijímacího řízení (24 K).
V prvním roce se nevyplácelo nemajetným stipendium, pouze někteří dobrodinci pomáhali chudším studentům tím, že jim poskytovali bezplatné ubytování nebo poskytovali stravu či darovali některé pomůcky. Aby se pomoc těchto lidí dostala na potřebná místa, byl v červnu 1900 založen Spolek na podporu chudých studujících českého gymnasia ve Vyškově.
První školní den byl zahájen bohoslužbou Veni Sancte 18. září 1899. Studenti gymnázia se zde setkali se všemi členy výboru Matice gymnasiální, kterým vděčili za možnost zde studovat. Po bohoslužbě žáci zazpívali rakouskou státní hymnu a následně se vrátili do budovy arcibiskupského zámku, kde jim ředitel František Teplý vyložil školní řád.
Pravidelné vyučování na českém soukromém matičním gymnáziu ve Vyškově bylo zahájeno 19. září 1899. Studenti byli vyučováni v povinných předmětech jako čeština, latina, němčina, zeměpis, dějepis, biologie, matematika a náboženství. V rámci výuky posledního jmenovaného předmětu docházeli každou neděli a o svátcích na mši do vyškovského kostela Nanebevzetí Panny Marie, podrobovali se zpovědi a byli biřmováni.
Na arcibiskupském zámku měli žáci k dispozici dvě učebny, avšak v každé se tísnilo 60 žáků. Pro vyučující byly vyčleněny rovněž dvě místnosti – ředitelna a sborovna. Soukromá zámecká kaple, kde se dříve všichni žáci a vyučující scházeli, byla zrušena a byly tam umístěny sbírky. Pro potřebu žákovských šaten byla upravena chodba ve druhém patře.
S přihlédnutím ke zdravému tělesnému rozvoji žáků a zároveň k vyhlášce ministerstva kultu a vyučování z 15. září 1899 usnesl se pedagogický sbor 4. prosince 1899, že se třídami bude pravidelně podnikat vycházky do přírody a zařadí hodiny tělocviku do učebních osnov.
Protože gymnázium bylo od počátku bráno jako záležitost ryze česká, veřejnost si je skutečně hýčkala. Díky soukromé iniciativě lidí se podařilo založit některé sbírky. Například numismatickou sbírku založil na gymnáziu statkář z Radslavic Antonín Sonnewend a zasloužil se o její nárůst na úctyhodný počet 187 mincí. Nejvíce se rozrůstala přírodopisná sbírka díky štědrým dárcům z venkova. Od jednotlivců mělo gymnázium k dispozici 398 minerálů i se skříní, tři krabice motýlů (celkem 264 kusů) a velký herbář, ve kterém bylo popsáno 619 rostlin. O získání zoologické sbírky preparátů se zasloužil nejvíc advokát JUDr. Josef Hora. Soukromé gymnázium mělo i tu výhodu, že si vyučující sami mohli určit, které pomůcky potřebují, a teprve podle toho byly uvolňovány potřebné finance. Především na účely předplatného vědeckých časopisů, nákladů na zakoupené knihy a pomůcky pro praktickou výuku byla použita značná část celkového rozpočtu školy.
Od počátku se na vyškovském gymnáziu střídaly dny všední a slavnostní. Byly zde často pořádány školní slavnosti, kterými vzdávali žáci a učitelé poctu významným osobnostem nebo důležitým výročím. Poprvé gymnázium slavilo narozeniny císaře Františka Josefa I. 4. října 1900. O měsíc později si studenti ústavu připomněli narození zesnulé císařovny Alžběty.
Pro výdaje spojené především s nákupem pomůcek nezapomínal výbor Matice gymnasiální obstarávat stálé příjmy, které by mu umožnily gymnázium zřizovat i v dalších letech. Díky tomu, že bylo zřejmé, jak dobře nová střední škola prospívá, se získávaly finance poměrně dobře. Pravidelným sponzorem se stala I. kontribučenská spořitelna ve Vyškově, jejíž zástupci byli u samotného zrodu školy a snahy o zřízení školy dlouhodobě podporovali, zařadila se sem i obec vyškovská a Ústřední Matice školská v Praze (a to i přesto, že tato organizace dříve požadovala prohlášení, že Matice gymnasiální nebude požadovat finanční pomoc).
Na podzim roku 1899 proběhly ve Vyškově volby do zastupitelstva. Mezi českou a německou stranou byl uzavřen kompromis, proti kterému se česká většina bouřila natolik, že protesty musely být potlačeny až vojenským zásahem. I když čeští zastupitelé měli převahu o dva muže, podrželi si nejvlivnější I. voličský sbor zastupitelé hlásící se k německé aobcovací řeči, takže Češi přece jen neměli dostatek podpory na to, aby vytvořili většinovou vládu a mohli prosazovat své požadavky u proněmeckých státních orgánů. A tak v čele zastupitelské rady stanul po volbách německý starosta JUDr. Josef Svoboda, ale měl již českého náměstka. Změny nakonec stejně přišly. Čeští zastupitelé si vynutili přislíbení příspěvku 1200 K z obecního rozpočtu na chod gymnázia. Obec vyškovská se dokonce rozhodla oficiálně zažádat o pravidelný příspěvek na chod gymnázia ze zemského rozpočtu. A tak byl Matici gymnasiální odsouhlasen roční příspěvek 2000 K na jednu třídu.
O tom, že gymnázium skutečně plní svůj účel, byly státní orgány informované také ze zpráv inspektorů, kteří školu v prvním pololetí navštívili. Prostřednictví těchto šetření se vídeňské ministerstvo kultu a vyučování ujistilo, že může ředitelství vyškovské školy udělit pravomoc vydávat svým žákům vysvědčení, která jsou srovnatelná s těmi, které by žáci dostali na kterémkoliv státním gymnáziu. Žáci tak obdrželi vysvědčení podle privátního tiskopisu pouze jednou, a to 10. února 1899. Po rozhodnutí ministerstva muselo být 28. února všem 121 žákům vysvědčení vyměněno.
Podle 2. kapitoly úspěšné práce „Vznik a rozvoj Gymnázia ve Vyškově“, zpracované v rámci SOČ 2007/2008 studentkou Šárkou Navrátilovou