Ihned po osvobození se objevily pokusy obnovit gymnázium. Protože se nepočítalo s uvolněním původní budovy, byla propůjčena klášterní škola sester dominikánek. Tu však zabral berní úřad ihned po tom, co byla celá stavba zrekonstruována. Pro potřeby gymnazistů zbyly zase jen prostory v měšťanské škole.
Poválečné vyučování bylo slavnostně zahájeno 28. května 1945 u příležitost 61. narozenin prezidenta Beneše. Škola teď měla nově pět tříd. V. a VI. tvořili žáci, kteří zůstali na gymnáziu po celou dobu, a ti, kteří přišli z jiných škol, VII. a VIII. třída byla sestavena z žáků, kteří se vrátili z totálního nasazení nebo byli přijati na gymnázium podle výnosu ze dne 25. 5. 1945. Jedna třída byla jako každoročně otevřená pro nově příchozí žáky.
Od roku 1946 bylo gymnázium rozmístěno zčásti na arcibiskupském zámku, zčásti v budově dnešní Nádražní 4 (dřívější budovba obecné školy) a nově také dnešní Nádražní 5 (dříve budpova měšťanských škol) od roku 1946. Celkem žáci navštěvovali třináct tříd. Zároveň proběhla série jednání o navrácení budovy na Komenského náměstí. Podle dohody vedení školy a Sdružení rodičů s ministerstvem školství, městským národním výborem a okresním národním výborem z roku 1946 měla být do 31. srpna 1947 kompletně vyklizena. Vyučovat se tu ale 1. září nezačalo – do „mateřské“ budovy se žáci vrátili teprve v roce 1951, kdy byla s nákladem 6,5 milionu korun opravena a veřejná nemocnice byla odtud odstěhována do nových prostor.
Podoba gymnázia se však s přibývajícími léty zařčala lišit od oné meziválečné. Polovina Evropy se nacházela pod vládou nebo aspoň politickým vlivem komunistických stran, které školy gymnazijního typu považovaly za příliš aristokratské a buržoazní. Škola změnila tvář. Od roku 1945 byla zavedena, co se učebního plánu týče, řada nešťastných reforem. Do roku 1948 byl ústav ještě právem nazýván reálným gymnáziem – stále zde fungovalo osm ročníků, avšak kvůli dosud neustáleným osnovám bylo studium značně náročné. Žáků zde studovalo příliš mnoho – na nižším stupni byly čtyři ročníky pro de facto tři věkové kategorie. I proto byli slabší žáci ve školním roce 1946/1947 vyzváni, aby přešli na jiný druh školy. Nuceně odešli také studenti I., II. a III. tříd, a to v roce 1948/1949 na I. a II. střední školu ve Vyškově. Gymnázium tak smělo otevřít pouze čtyři ročníky.
Plíživě se začaly do běžného chodu školy začleňovat sovětské praktiky, které vyvrcholily zejména po změněn režimu v únoru 1948. Začal se například slavit Týden Sovětského svazu. Od 2. března 1948 musely být všude vyvěšeny portréty J. V. Stalina, kterému pak celá škola musela vzdát hold na slavnostním shromáždění. Změnil se také způsob přijímání žáků – již nerozhodovaly pouze schopnosti a znalosti, hledělo se také na třídní postavení.
31. srpen 1953 je považován za den, kdy gymnázium „padlo“. Stále se sice mluvilo o „gymnaziálních třídách“ v rámci takzvané vyškovské jedenáctileté školy, která vznikla v souladu s zákonem o jednotné škole spojením II. národní, I. střední školy a tříletého gymnázia, její osnovy však byly naprosto nedostačující – zmizely hodiny latiny a cizích jazyků, které nahradila ruština a výrobní praxe. Tento předmět zabíral téměř pětinu všech hodin. Již se nedalo mluvit o výběrové škole, protože místo toho, aby se vyučují věnoval nadaným žákům, musel neustále brát především ohled na zaostávající. V podstatě tato reforma přispěla také ke snížení úrovně českých vysokých škol, kde chyběli dostatečně vzdělaní uchazeči.
O poklesu úrovně svědčí i to, že gymnázium mohli vystudovat v rámci večerní studia i zaměstnaní dospělí, kteří zajisté neměli tolik času na přípravu, kolik by bylo jí bylo nutno za běžných okolností věnovat.
Aby nadaní žáci změnami netrpěli, snažili se profesoři ztráty v jejich vzdělání doplňovat v rámci zájmových kroužků. Ze strany vyučujících byla veliká oběť, že si i při 30hodinovém úvazku dokázali najít dostatek času pro své studenty. Řada vyučujících byla navíc přeložena kvůli politické „nedůvěryhodnosti“. Z tohoto důvodu odešli profesorky Milena Číhalová, Marie Mášková a profesor Vladimír Blažek, ještě předtím museli odejít Ladislav Kubíček a Josef Hrdlička.
Rok 1959/1960 přinesl alespoň malé zlepšení. Škola byla reformována na dvanáctiletou. V rámci této změny byly vyčleněny také třídy se specifickým zaměřením, které žákům poskytovaly lepší vzdělání v daných oborech. Ve všeobecných třídách se opět začala vyučovat latina.
Změnila se náplň volného času – podle dobových záznamů bylo v roce 1957 soustředěno 86 % mládeže v Pionýrských organizacích. V rámci družeb s dělnickými organizacemi byly pořádány večerní recitační či hudební představení pro „potěšení“ dělnických vrstev. Od poloviny šedesátých let se začaly konat akce pod názvem Strana hovoří s mládeží, kde naopak funkcionáři KSČ besedovali s členy Československého svazu mládeže.
Pořádek školních slavnosti byl narušen stejně jako mnohé jiné. Místo oslav na počest T. G. Masaryka, J. A. Komenského nebo Mistra Jana Husa se slavilo kulaté výročí narození K. Gottwalda, J. V. Stalina, významné datum Velké říjnové socialistické revoluce, vznik NDR nebo vítězství pracujícího lidu v Číně. Jediné důležité datum v našich dějinách, které si zachovalo svou slavnostní atmosféru, byl 28. říjen. Neslavilo se jako vítězství demokracie a vznik československého státu, ale jako Den znárodnění. A o vánočních slavnostech nerozdával v prosinci dárky Ježíšek, ale Děda Mráz.
V 60. letech se také gymnaziální třídy musely podřídit principu spojení školy se životem formou „výrobní práce studentů“, kdy v každém ročníku měl být jeden vyučovací den věnován výrobní praxi v továrnách. Tento plán se dařilo jen pomalu naplňovat, protože v okolí neexistovaly závody, které by byly schopny pro všechny studenty nějakou práci vyčlenit, a tak alespoň gymnazisté jezdili na exkurze do průmyslových podniků, elektráren a zemědělských družstev. O prázdninách se podle předpisů účastnili chmelových brigád na Podbořansku a senoseče na Šumavě.
Po více než desetiletí se přikročilo ke skutečné obnově gymnázia, tedy alespoň jeho budovy. V roce 1956 byla opravena kopule, v letech následujících okapové žlábky a ústřední topení. V roce 1954/1955 byla pro školní dílny vybudována v historickém areálu školy poněkud nevkusná přístavba.
2. půle šedesátých let však přinesla v celé společnosti politické uvolnění. Svědčí o tom například témata gymnazijních maturitních prací, která už nejsou orientována marxisticko-leninovským směrem, ale začíná se klást větší důraz na literární motivy, dokonce jsou povolovány rozbory děl významných spisovatelů, kteří byli předtím pro KSČ naprosto nepřípustní. Žáci začali vyjíždět do zahraničí, do NDR, aby si ověřili své znalosti cizího jazyka a poznali významná místa pro celoevropskou historii (Lipsko, Drážďany, Berlín, Dolní Lužice). V rámci svých možností mohli zhlédnout také řadu filmů, nově i ty, které předtím byly považovány za buržoazní (např. v roce 1967 americký film Kleopatra).
Cesta ke čtyřletým gymnáziím se definitivně otevřela v roce 1968/1969, kdy byla všeobecně vzdělávací střední škola přetvořena zpět na gymnázium. Na Komenského náměstí se opět vrátili „skuteční“ studenti. Znovuobnovení školy přineslo především některé volitelné předměty, které měly zajistit lepší připravenost studentů pro jejich budoucí specializaci. Žáci mohli vybrat ruskou konverzaci, latinu, základy administrativy, technické kreslení nebo praktická cvičení z matematiky, přírodovědných předmětů a literatury, navíc se mohli přihlásit do nepovinných předmětů, jako byly sportovní hry nebo řízení motorových vozidel.
Na rok 1969 připadlo výročí 70 let od založení vyškovského gymnázia. Oslavy se měly odehrát téměř rok po příchodu vojsk Varšavské smlouvy. A tak stejně jako 50. jubileum vzniku, ani tyto slavnostní dny nepřipadly na právě příhodnou dobu. Problémy byly spojené například s tím, že musely být narychlo předělávany plakáty, na kterých stálo jméno významného hosta MUDr. Vilibalda Bezdíčka, oblíbeného ministra školství, který byl mezitím nahrazen rigidním poststalinistou Jaromírem Hrbkem. Nakonec ovšem vše dopadlo výborně a oslavy si nenechalo ujít více než 1200 absolventů a 40 profesorů.
Řada vyučujících už ale během příprav této akce věděla nebo tušila, že je nečekají jen šťastné časy. Podle dokumentu „Výsledky učebně výchovné práce na školách za školní rok 1968/1969“, který zveřejnil Okresní národní výbor ve Vyškově na své 130. schůzi, se dosud veřejně činní profesoři gymnázia podíleli na pořádání podpisových akcí za odchod vojsk Varšavské smlouvy a propuštění neoprávněně odsouzených vězňů, což se najednou začalo jevit jako nejhorší prohřešky. V rámci normalizace připadla na letní měsíce roku 1970 také výměna stranických legitimací. Počítalo se s tím, že nevyhovujícím nebude členství ve straně prodlouženo. Jedním z takových byl i ředitel Zdeněk Martinek, který byl na jaře 1971 nahrazen ve funkci Petrem Španělem. Nakonec byl úplně odstraněn z postu gymnazijního profesora a musel přejít na učiliště v Prostějově. Další dva pedagogové, Vratislava Staňková a Jindřich Hep, byli donuceni odejít ze školství definitivně.
Ale ani profesoři, kteří prověrkami prošli, neměli úplný klid. Byli donuceni studovat stranické materiály, účastnit se seminářů a předkládat závěrečné práce, aby bylo lépe patrné, že skutečně „pochopili“ obsah výkladu týkajícího se správného vedení žáků. Důraz se začal klást především na správnou politickou výchovu mládeže. Muselo se písemně vykazovat, že je skutečně začleněna do všech vyučovaných předmětů a žádná třída tak o něj není ochuzena.
Náprava tohoto neblahého období přišla v podstatě teprve po roce 1989. Můžeme mluvit dokonce o tom, že to byli právě studenti vyšších ročníků gymnázia a dalších vyškovských středních škol, kteří pod vlivem svých starších kamarádů, vysokoškoláků, přinesli do malého moravského městečka revoluční listopadovou náladu.
Podle 10. kapitoly úspěšné práce „Vznik a rozvoj Gymnázia ve Vyškově“, zpracované v rámci SOČ 2007/2008 studentkou Šárkou Navrátilovou